【回答】

自動車税種別割は税金そのものですが、自動車税種別割未経過相当額は税金ではありません。
当会(JU中販連)では販売店に対して、自動車税種別割未経過相当額を請求する場合には、ユーザーには「自動車税額種別割」分だけを請求し、経理処理上で内税処理をするよう指導しています。
なお、自賠責保険料の引継分相当額についても、ほぼ同様の考え方で指導をしています。

【解説】

自動車税種別割

自動車税種別割は、自動車という財産を所有する事実に対して課される一種の「財産税」です。自動車税種別割は、地方税法により4月1日現在における自動車の所有者に対し、主たる定置場所の都道府県において、その所有者に課すこととされており、翌年3月末日までの1年間分を支払うことになっています。
また、4月1日以降に自動車を取得したときは、取得の翌月から月割りによって課されます。反対に4月1日現在所有している自動車をその後抹消登録した場合は、その月までの税金しかかからず、翌月分以降に相当する未経過税額は還付されることになります。
ただし、4月1日以降に所有者の変更があった場合は、当該年度の末日に所有者の変更があったものと見做され、月割りによる新所有者への課税や前所有者への未経過分の還付は行われないことになっています。

自動車税種別割未経過相当額

車検残のある中古自動車の売買は、先に述べたように前所有者には未経過分の返還はなく、新所有者は翌年度まで自動車税種別割を納めることなく自動車を所有し走行できることになり、その分得をすることになります。
したがって、自動車税種別割未経過相当額は「経済価値」として次の所有者に引継ぐべき性格のものとなります。
以上のことから、このような中古自動車の自動車税種別割の未経過相当額は、車両価格に含めるか、または「経済価値」がいくらかであるかを明らかにして車両価格とは別に請求できることになります。
なお、後者の場合「自動車税種別割」という表現はあたかも法律的にその分を税金として支払う義務があるかのようにユーザーに誤認されるおそれがあるため、中販連では「自動車税種別割未経過相当額」とするよう指導しています。

消費税

消費税は、製造段階、卸段階、小売段階といったそれぞれの段階で商品の売買、サービスの提供が行われた際に課される「間接税」です。前にも述べたように「自動車税（種別割）未経過相当額」は自動車税ではなく、新所有者が未経過分を支払わなくても良いという「経済価値」ですから、「役務の提供」と見做され、消費税の課税対象となります。
しかし、実際には販売店から「自動車税種別割の引継ぎ分です」と説明された後、「自動車税種別割ではないので、消費税を別途いただきます」とお願されたところで、理解（納得）することは非常に困難と思われます。ユーザーが車検切れの車両を新規登録で購入すれば「自動車税種別割額」そのものだけで済むわけですから、自動車税種別割額に加えて別途消費税を徴収することは購入者の混乱をまねくおそれがあります。